Thời Đông Hán

Năm 100, hơn 2.000 dân huyện Tượng Lâm thuộc quận Nhật Nam nổi dậy nhưng nhanh chóng bị đánh dẹp.

Năm 137, người huyện Tượng Lâm lại nổi dậy đánh phá trị sở nhà Hán, giết trưởng lại rồi đánh rộng ra toàn quận Nhật Nam. Thứ sử bộ Giao Chỉ là Phàn Diễn mang 2 vạn quân đi đánh nhưng binh lính ngại đi xa bèn làm loạn, đánh phá 2 quận Giao Chỉ và Cửu Chân. Năm 138, nhà Hán theo kế của Lý Cố, thay hai thái thú ở Cửu Chân và Nhật Nam, đồng thời dùng kế lấy vàng lụa mua chuộc và ly gián các thủ lĩnh quận Nhật Nam đánh lẫn nhau. Cuối cùng quân nổi dậy bị dẹp.

Năm 144, dân Nhật Nam lại cùng Cửu Chân nổi lên chống lại nhà Hán nhưng nhanh chóng bị dẹp.

Năm 157, Chu Đạt nổi dậy giết huyện lệnh Cư Phong rồi tiến đánh quận Cửu Chân, giết chết thái thú. Nhà Hán cử binh sang đánh, quân Chu Đạt rút về quận Nhật Nam. Năm 160 thì Chu Đạt bị dẹp hẳn.

Năm 178, Lương Long ở quận Giao Chỉ nổi dậy, lôi kéo thêm dân các quận Hợp Phố, Cửu Chân và Nhật Nam hưởng ứng. Năm 181 Nhà Hán điều quân sang dẹp, giết chết Lương Long.

Năm 192, Khu Liên nổi dậy ở huyện Tượng Lâm thuộc quận Nhật Nam, giết huyện lệnh rồi thành lập nước Chăm Pa.

Thời Tam Quốc

Sang thời Đông Ngô cai trị, Giao châu có cuộc khởi nghĩa lớn nhất của người Việt nổ ra năm 248. Triệu Thị Trinh cùng anh là Triệu Quốc Đạt khởi binh chống Tôn Quyền khiến "toàn thể Giao châu chấn động"[23]. Tôn Quyền sai Lục Dận mang 8.000 quân sang đánh và dẹp được cuộc nổi dậy này.

Thời nhà Tấn và Nam Bắc triều

Năm 299, thú binh ở quận Cửu Chân do Triệu Chỉ cầm đầu nổi dậy giết thái thú nhà Tấn và vây quận thành. Không lâu sau lực lượng này bị dẹp.

Năm 317, đốc quân người Việt là Lương Thạc giết Thứ sử Cố Thọ, lập con Đào Hoàng là Đào Tuy (hoặc Uy) lên thay. Nhà Tấn cử Vương Cơ sang làm thứ sử, bị Lương Thạc ngăn trở và giết các kiều dân người Hoa ở Giao châu. Nhà Tấn lại cử Vương Lượng sang làm thứ sử. Lương Thạc lại chống cự, mang quân vây hãm thủ thành Long Biên và giết chết Lượng. Năm 323, Tấn Nguyên Đế phải cử danh tướng Đào Khản sang Giao châu mới đánh được Lương Thạc. Thạc bị giết.

Năm 468, tướng lĩnh bản địa là Lý Trường Nhân nổi dậy giết thuộc hạ người phương Bắc của Thứ sử Lưu Mục mới qua đời và tự lập làm thứ sử. Nhà Lưu Tống cử Lưu Bột sang nhưng Trường Nhân chống lại, ngăn không cho Lưu Bột sang. Nhà Tống phải công nhận Trường Nhân làm thứ sử. Vài năm sau Trường Nhân chết, em họ là Lý Thúc Hiến, nguyên Thái thú quận Vũ Bình lên thay. Nhà Tống lại sai Thẩm Hoán sang làm Thứ sử nhưng Thúc Hiến không nghe, ngăn cản Hoán. Hoán chết ở quận Uất Lâm. Nhà Tống lại phải công nhận Thúc Hiến.

Năm 479, Tiêu Đạo Thành diệt Lưu Tống lập ra Nam Tề. Năm 485, Nam Tề Vũ Đế Tiêu Trách sai Lưu Khải điều binh 3 quận sang đánh. Lý Thúc Hiến liệu thế không chống nổi bèn sang đầu hàng nhà Tề.

Năm 541, Lý Bí khởi binh chống nhà Lương. Thứ sử Tiêu Tư bỏ chạy về bắc. Qua năm 542 và 543, nhà Lương cử binh sang dẹp đều bị đánh bại. Năm 544, Lý Bí thành lập nước Vạn Xuân và tự xưng đế. Với sự kiện thành lập nước Vạn Xuân, người Việt giành lại quyền tự chủ, thời Bắc thuộc lần 2 chấm dứt.